西野 光一郎 (ニシノ コウイチロウ)

NISHINO Koichiro

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教授

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学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(農学) ( 2000年3月   東京大学 )

研究分野 【 表示 / 非表示

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ライフサイエンス / 細胞生物学

  • ライフサイエンス / 発生生物学

  • ライフサイエンス / 遺伝学

  • その他 / その他  / エピジェネティクス

 

論文 【 表示 / 非表示

  • Identification of an epigenetic signature in human induced pluripotent stem cells using a linear machine learning model 査読あり

    Nishino K, Takasawa K, Okamura K, Arai Y, Sekiya A, Akutsu H, Umezawa A.

    Human Cell   34 ( 1 )   99 - 110   2021年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s13577-020-00446-3

    PubMed

  • Dog Steroidogenic Factor-1: Molecular cloning and analysis of epigenetic regulation 査読あり

    Sekiya A, Takasawa K, Arai Y, Torisu S, Nishino K

    Journal of Veterinary Medical Science   2020年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1292/jvms.20-0050

    PubMed

  • DNA methylation ambiguity in the Fibrillin-1 (FBN1) CpG island shore possibly involved in Marfan syndrome 査読あり

    Nishino K, Arai Y, Takasawa k, Toyoda M, Yamazaki-Inoue M, Sugawara T, Akutsu H, Nishimura K, Ohtaka M, Nakanishi M, Umezawa A.

    Scientific Reports   10 ( 1 )   5287   2020年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Fibrillin-1 (FBN1) is responsible for haploinsufficient and autosomal dominant Marfan syndrome. Even in the same Marfan pedigree, penetrance and expressivity in heterozygous individuals can differ and result in variable disease onset and severity. Thus, other factors in addition to mutations in FBN1 are likely to contribute to the disease. In this study, we examined the regulation of FBN1 in porcine Marfan syndrome model, focusing on DNA methylation patterns distinguishable as wild-type (WT) and FBN1 null (KO) alleles in heterozygous cells. Most importantly, the ratio of the transcriptionally active hypomethylated WT allele was altered during cellular passage and highly correlated with FBN1 mRNA level compared with that in the KO allele. Transcribed FBN1 RNA from the KO allele was abolished after splicing coupled with translational initiation, suggesting that the functional FBN1 mRNA levels were affected by DNA methylation of the WT allele.

    DOI: 10.1038/s41598-020-62127-3

  • Epigenetic-scale comparison of human iPSCs generated by retrovirus, Sendai virus or episomal vectors 査読あり

    Nishino K, Arai Y, Takasawa k, Toyoda M, Yamazaki-Inoue M, Sugawara T, Akutsu H, Nishimura K, Ohtaka M, Nakanishi M, Umezawa A.

    Regenerative Therapy   9   71 - 78   2018年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Human induced pluripotent stem cells (iPSCs) are established by introducing several reprogramming factors, such as OCT3/4, SOX2, KLF4, c-MYC. Because of their pluripotency and immortality, iPSCs are considered to be a powerful tool for regenerative medicine. To date, iPSCs have been established all over the world by various gene delivery methods. All methods induced high-quality iPSCs, but epigenetic analysis of abnormalities derived from differences in the gene delivery methods has not yet been performed. Here, we generated genetically matched human iPSCs from menstrual blood cells by using three kinds of vectors, i.e., retrovirus, Sendai virus, and episomal vectors, and compared genome-wide DNA methylation profiles among them. Although comparison of aberrant methylation revealed that iPSCs generated by Sendai virus vector have lowest number of aberrant methylation sites among the three vectors, the iPSCs generated by non-integrating methods did not show vector-specific aberrant methylation. However, the differences between the iPSC lines were determined to be the number of random aberrant hypermethylated regions compared with embryonic stem cells. These random aberrant hypermethylations might be a cause of the differences in the properties of each of the iPSC lines.

    DOI: 10.1016/j.reth.2018.08.002

  • DNA hypermethylation enhanced telomerase reverse transcriptase expression in human-induced pluripotent stem cells 査読あり

    Takasawa K, Arai Y, Yamazaki-Inoue M, Toyoda M, Akutsu H, Umezawa A, Nishino K

    Human Cell   31 ( 1 )   78 - 86   2018年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Human Cell  

    During reprogramming into human induced pluripotent stem cells (iPSCs), several stem cell marker genes are induced, such as OCT-4, NANOG, SALL4, and TERT. OCT-4, NANOG, and SALL4 gene expression can be regulated by DNA methylation. Their promoters become hypomethylated in iPSCs during reprogramming, leading to their induced expression. However, epigenetic regulation of the TERT gene remains unclear. In this study, we focused on epigenetic regulation of the human TERT gene and identified a differentially methylated region (DMR) at a distal region in the TERT promoter between human iPSCs and their parental somatic cells. Interestingly, the TERT-DMR was highly methylated in iPSCs, but low-level methylation was observed in their parental somatic cells. Region-specific, methylated-promoter assays showed that the methylated TERT-DMR up-regulated the promoter activity in iPSCs. In addition, Lamin B1 accumulated at the TERT-DMR in iPSCs, but not in their parent somatic cells. These results suggested that the TERT transcription was enhanced by DNA methylation at the TERT-DMR via binding to nuclear lamina during reprogramming. Our findings shed light on a new functional aspect of DNA methylation in gene expression.

    DOI: 10.1007/s13577-017-0190-x

    Scopus

    PubMed

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • 獣医発生学

    木曽康郎、西野光一郎 他( 担当: 共訳)

    学窓社  2019年2月 

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    担当ページ:68-78   記述言語:日本語 著書種別:教科書・概説・概論

  • カラーアトラス動物発生学

    山本雅子、谷口和美、西野光一郎 他( 担当: 共訳)

    緑書房  2014年4月 

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    担当ページ:199-211   記述言語:日本語 著書種別:教科書・概説・概論

  • DNAメチル化研究法

    塩田邦郎, 田中智, 服部中, 大鐘潤, 今村拓也, 西野光一郎, 鈴木雅子, 小田真由美, 服部奈緒子, 冨川順子, ユリアクレメンスカ, 岩谷美沙( 担当: 共著)

    学会出版センター  2006年10月 

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    記述言語:日本語 著書種別:学術書

MISC 【 表示 / 非表示

  • コンパニオンアニマル再生医療における間葉系幹細胞 -自験例を中心に 招待あり

    関谷麻杜, 鳥巣至道, 西野光一郎

    医学のあゆみ   272 ( 10 )   1075 - 1080   2020年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)   出版者・発行元:医歯薬出版株式会社  

  • 機械学習とiPS細胞研究から得られるバイオビッグデータの融合 招待あり

    高澤建, 新井良和, 西野光一郎

    再生医療の開発戦略と最新研究事例集   298 - 305   2019年2月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)   出版者・発行元:(株)技術情報協会  

  • 幹細胞・iPS細胞研究におけるエピジェネティクスと医療応用

    西野光一郎, 梅澤明弘

    エピジェネティクスの産業応用   362 - 369   2014年4月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)   出版者・発行元:シーエムシー出版  

  • 再生医療

    梅澤明弘, 西野光一郎

    エピジェネティクスキーワード事典   235 - 241   2013年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)   出版者・発行元:羊土社  

  • エピジェネティクスと病気「再生医療とエピジェネティクス」

    梅澤明弘, 西野光一郎

    遺伝子医学MOOK   25   2013年8月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(大学・研究所紀要)   出版者・発行元:株式会社メディカルドゥ  

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講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • ヒト雄性iPS細胞における活性X染色体のDNAメチル化動態の解析

    富田 清良、関谷 麻杜、新井 良和、西野 光一郎

    第113回 日本繁殖生物学会大会  (筑波市)  日本獣医学会

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    開催年月日: 2020年9月23日 - 2020年9月25日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:筑波市  

  • 免疫不全疑い犬における遺伝子診断:CD40 Ligandの点変異の同定

    森 正太郎、新井 良和、金子 泰之、鳥巣 至道、西野 光一郎

    第162回 日本獣医学会学術集会  (筑波市)  日本獣医学会

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    開催年月日: 2019年9月10日 - 2019年9月12日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:筑波市  

  • 多能性を有するイヌiPS細胞の樹立と特性解析

    西本光佑、新井 良和、西野 光一郎

    第162回 日本獣医学会学術集会  (筑波市)  日本獣医学会

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    開催年月日: 2019年9月10日 - 2019年9月12日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:筑波市  

  • ハプロ不全優性遺伝病の解明に向けたアリルごとのDNAメチル化解析:フィブリリン1遺伝子を例として

    新井良和, 梅山一大, 岡崎なつみ, 西野光一郎, 長嶋比呂志, 大鐘潤

    第13回日本エピジェネティクス研究会年会  (横浜市)  日本エピジェネティクス研究会

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    開催年月日: 2019年5月28日 - 2019年5月29日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:横浜市  

  • 深層学習および線形分類を利用したトランススプライシングに関わる塩基配列の探索

    片桐沙弥,片桐沙紀,青砥早希,西野光一郎,岡村浩司

    第41回日本分子生物学会年会  (横浜市)  日本分子生物学会

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    開催年月日: 2018年11月28日 - 2018年11月30日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:横浜市  

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科研費(文科省・学振)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • DNAメチル化を基盤としたヒト心筋細胞発生分化機構の制御に関する研究

    2021年04月 - 2022年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(B)

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    担当区分:研究代表者 

  • 自然発症腎形成不全マウスを用いた腎尿路発生の遺伝学的機序の解明

    2021年04月 - 2022年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究分担者 

  • 自然発症腎形成不全マウスを用いた腎尿路発生の遺伝学的機序の解明

    2020年04月 - 2021年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究分担者 

  • 自然発症腎形成不全マウスを用いた腎尿路発生の遺伝学的機序の解明

    2019年04月 - 2020年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究分担者 

  • エピジェネティック制御によるヒトTERT遺伝子制御機構と細胞不死化獲得機構の解明

    2017年04月 - 2018年03月

    科学研究費補助金  挑戦的萌芽研究

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    担当区分:研究代表者 

    体細胞から人工多能性幹細胞(iPS細胞)への形質転換時における細胞不死化はテロメア伸長に関わるTERT遺伝子の発現獲得と大きく関係している。申請者はこれまでヒトTERTプロモーターの遠位領域にヒト多能性幹細胞特異的DNAメチル化可変領域(TERT-DMR)を同定したが、iPS細胞樹立時におけるTERT-DMRと発現獲得機構関連については明らかとなっていない。本研究では、TERT-DMRにおけるヒストン修飾とクロマチン構造の決定、およびTERT-DMRに結合する転写因子の探索と、その機能解析を通してTERT-DMRのDNAメチル化を介したヒトTERT遺伝子のエピジェネティック発現制御機構の解明を行う。

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その他競争的資金獲得実績 【 表示 / 非表示

  • ヒトiPS細胞株間差の要因となるエピジェネティック変動領域の同定と細胞特性評価法の創出

    2021年04月 - 2022年03月

    国立研究開発法人日本医療研究開発機構  再生医療実用化研究事業 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

  • 新規Naïve型幹細胞の創出と品質評価システムの開発

    2021年04月 - 2022年03月

    国立研究開発法人日本医療研究開発機構  再生医療実用化研究事業 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

  • ヒトiPS細胞株間差の要因となるエピジェネティック変動領域の同定と細胞特性評価法の創出

    2020年04月 - 2021年03月

    国立研究開発法人日本医療研究開発機構  再生医療実用化研究事業 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

  • 新規Naïve型幹細胞の創出と品質評価システムの開発

    2020年04月 - 2021年03月

    国立研究開発法人日本医療研究開発機構  再生医療実用化研究事業 

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    担当区分:研究分担者  資金種別:競争的資金

  • ヒトiPS細胞株間差の要因となるエピジェネティック変動領域の同定と細胞特性評価法の創出

    2019年04月 - 2020年03月

    国立研究開発法人日本医療研究開発機構  再生医療実用化研究事業 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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