新村 芳人 (ニイムラ ヨシヒト)

NIIMURA Yoshihito

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所属

農学部 獣医学科

職名

教授

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学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(理学) ( 1999年3月   東京大学 )

研究分野 【 表示 / 非表示

  • ライフサイエンス / ゲノム生物学

  • ライフサイエンス / 進化生物学

 

論文 【 表示 / 非表示

  • Genetic variation of olfactory receptor gene family in a Japanese population. 査読あり 国際共著

    Akhtar MS, Ashino R, Oota H, Ishida H, Niimura Y, Touhara K, Melin AD, Kawamura S

    Anthropological Science   2022年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Anthropological Society of Nippon  

    DOI: 10.1537/ase.211

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  • The genomics of ecological flexibility, large brains, and long lives in capuchin monkeys revealed with fecalFACS. 査読あり 国際誌

    Orkin JD, Montague MJ, Tejada-Martinez D, de Manuel M, Del Campo J, Cheves Hernandez S, Di Fiore A, Fontsere C, Hodgson JA, Janiak MC, Kuderna LFK, Lizano E, Martin MP, Niimura Y, Perry GH, Valverde CS, Tang J, Warren WC, de Magalhães JP, Kawamura S, Marquès-Bonet T, Krawetz R, Melin AD

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   118 ( 7 )   2021年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Ecological flexibility, extended lifespans, and large brains have long intrigued evolutionary biologists, and comparative genomics offers an efficient and effective tool for generating new insights into the evolution of such traits. Studies of capuchin monkeys are particularly well situated to shed light on the selective pressures and genetic underpinnings of local adaptation to diverse habitats, longevity, and brain development. Distributed widely across Central and South America, they are inventive and extractive foragers, known for their sensorimotor intelligence. Capuchins have among the largest relative brain size of any monkey and a lifespan that exceeds 50 y, despite their small (3 to 5 kg) body size. We assemble and annotate a de novo reference genome for Cebus imitator Through high-depth sequencing of DNA derived from blood, various tissues, and feces via fluorescence-activated cell sorting (fecalFACS) to isolate monkey epithelial cells, we compared genomes of capuchin populations from tropical dry forests and lowland rainforests and identified population divergence in genes involved in water balance, kidney function, and metabolism. Through a comparative genomics approach spanning a wide diversity of mammals, we identified genes under positive selection associated with longevity and brain development. Additionally, we provide a technological advancement in the use of noninvasive genomics for studies of free-ranging mammals. Our intra- and interspecific comparative study of capuchin genomics provides insights into processes underlying local adaptation to diverse and physiologically challenging environments, as well as the molecular basis of brain evolution and longevity.

    DOI: 10.1073/pnas.2010632118

    PubMed

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  • Origin and Evolution of the Gene Family of Proteinaceous Pheromones, the Exocrine Gland-Secreting Peptides, in Rodents. 査読あり 国際誌

    Niimura Y, Tsunoda M, Kato S, Murata K, Yanagawa T, Suzuki S, Touhara K

    Molecular biology and evolution   38 ( 2 )   634 - 649   2021年1月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The exocrine-gland secreting peptide (ESP)gene family encodes proteinaceous pheromones that are recognized by the vomeronasal organ in mice. For example, ESP1 is a male pheromone secreted in tear fluid that regulates socio-sexual behavior, and ESP22 is a juvenile pheromone that suppresses adult sexual behavior. The family consists of multiple genes and has been identified only in mouse and rat genomes. The coding region of a mouse ESP gene is separated into two exons, each encoding signal and mature sequences. Here, we report the origin and evolution of the ESP gene family. ESP genes were found only in the Muridea and Cricetidae families of rodents, suggesting a recent origin of ESP genes in the common ancestor of murids and cricetids. ESP genes show a great diversity in number, length, and sequence among different species as well as mouse strains. Some ESPs in rats and golden hamsters are expressed in the lacrimal gland and the salivary gland. We also found that a mature sequence of an ESP gene showed overall sequence similarity to the α-globin gene. The ancestral ESP gene seems to be generated by recombination of a retrotransposed α-globin gene with the signal-encoding exon of the CRISP2 gene located adjacent to the ESP gene cluster. This study provides an intriguing example of molecular tinkering in rapidly evolving species-specific proteinaceous pheromone genes.

    DOI: 10.1093/molbev/msaa220

    PubMed

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  • Comparative genomic analyses illuminate the distinct evolution of megabats within Chiroptera. 査読あり 国際誌

    Nikaido M, Kondo S, Zhang Z, Wu J, Nishihara H, Niimura Y, Suzuki S, Touhara K, Suzuki Y, Noguchi H, Minakuchi Y, Toyoda A, Fujiyama A, Sugano S, Yoneda M, Kai C

    DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes   27 ( 4 )   2020年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The revision of the sub-order Microchiroptera is one of the most intriguing outcomes in recent mammalian molecular phylogeny. The unexpected sister-taxon relationship between rhinolophoid microbats and megabats, with the exclusion of other microbats, suggests that megabats arose in a relatively short period of time from a microbat-like ancestor. In order to understand the genetic mechanism underlying adaptive evolution in megabats, we determined the whole-genome sequences of two rousette megabats, Leschenault's rousette (Rousettus leschenaultia) and the Egyptian fruit bat (R. aegyptiacus). The sequences were compared with those of 22 other mammals, including nine bats, available in the database. We identified that megabat genomes are distinct in that they have extremely low activity of SINE retrotranspositions, expansion of two chemosensory gene families, including the trace amine receptor (TAAR) and olfactory receptor (OR), and elevation of the dN/dS ratio in genes for immunity and protein catabolism. The adaptive signatures discovered in the genomes of megabats may provide crucial insight into their distinct evolution, including key processes such as virus resistance, loss of echolocation, and frugivorous feeding.

    DOI: 10.1093/dnares/dsaa021

    PubMed

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  • Metabolism of Odorant Molecules in Human Nasal/Oral Cavity Affects the Odorant Perception. 査読あり

    Ijichi C, Wakabayashi H, Sugiyama S, Ihara Y, Nogi Y, Nagashima A, Ihara S, Niimura Y, Shimizu Y, Kondo K, Touhara K

    Chemical senses   44 ( 7 )   465 - 481   2019年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    In this study, we examined the mode of metabolism of food odorant molecules in the human nasal/oral cavity in vitro and in vivo. We selected 4 odorants, 2-furfurylthiol (2-FT), hexanal, benzyl acetate, and methyl raspberry ketone, which are potentially important for designing food flavors. In vitro metabolic assays of odorants with saliva/nasal mucus analyzed by gas chromatography mass spectrometry revealed that human saliva and nasal mucus exhibit the following 3 enzymatic activities: (i) methylation of 2-FT into furfuryl methylsulfide (FMS); (ii) reduction of hexanal into hexanol; and (iii) hydrolysis of benzyl acetate into benzyl alcohol. However, (iv) demethylation of methyl raspberry ketone was not observed. Real-time in vivo analysis using proton transfer reaction-mass spectrometry demonstrated that the application of 2-FT and hexanal through 3 different pathways via the nostril or through the mouth generated the metabolites FMS and hexanol within a few seconds. The concentration of FMS and hexanol in the exhaled air was above the perception threshold. A cross-adaptation study based on the activation pattern of human odorant receptors suggested that this metabolism affects odor perception. These results suggest that some odorants in food are metabolized in the human nasal mucus/saliva, and the resulting metabolites are perceived as part of the odor quality of the substrates. Our results help improve the understanding of the mechanism of food odor perception and may enable improved design and development of foods in relation to odor.

    DOI: 10.1093/chemse/bjz041

    PubMed

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書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • Major gene families in humans and their evolutionary history [Video file].

    Niimura Y( 担当: 単著)

    Henry Stewart Talks  2022年3月 

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    記述言語:英語 著書種別:教科書・概説・概論

  • ヒトゲノム事典

    新村芳人( 担当: 単著 ,  範囲: 嗅覚にかかわる遺伝子)

    一色出版   2021年11月  ( ISBN:4910389121

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    総ページ数:448   記述言語:日本語 著書種別:事典・辞書

    ASIN

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  • The Senses: A Comprehensive Reference (2nd Edition)

    Bernd Fritzsch( 担当: 分担執筆 ,  範囲: Mammalian Olfactory and Vomeronasal Receptor Families.)

    Academic Press  2020年 

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    記述言語:英語

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  • 嗅覚はどう進化してきたか : 生き物たちの匂い世界

    新村 芳人( 担当: 単著)

    岩波書店  2018年 

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    記述言語:日本語 著書種別:一般書・啓蒙書

    CiNii Books

  • 進化学事典

    日本進化学会( 担当: 分担執筆 ,  範囲: ゲノムの大きさ)

    共立出版  2012年4月 

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    総ページ数:xvi, 975p, 図版 [4] p   記述言語:日本語

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MISC 【 表示 / 非表示

  • 匂いの感じ方の多様性

    新村芳人

    AEAJ   103   46 - 46   2022年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

  • 遺伝子研究からみた嗅覚の世界 第2回 五感の遺伝子を探る

    新村芳人

    サノフィ e-MR   2022年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

  • 進化のじかん(33) 五感の遺伝子をめぐる冒険 視覚編(3)

    新村芳人

    現代化学   612   17 - 20   2022年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

  • 進化のじかん(32) 五感の遺伝子をめぐる冒険 視覚編(2)

    新村芳人

    現代化学   611   17 - 19   2022年2月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

  • 進化のじかん(31) 五感の遺伝子をめぐる冒険 視覚編(1)

    新村芳人

    現代化学   610   17 - 20   2022年1月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

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講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • 遺伝子から探る嗅覚の進化 招待あり

    新村芳人

    第140回 宮崎大学農学部獣医学科集談会  2022年3月5日 

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    開催年月日: 2022年3月5日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  • ゲノムデータが解き明かす嗅覚の進化

    新村芳人

    第83回 宮崎大学イブニングセミナー  2022年3月3日 

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    開催年月日: 2022年3月3日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  • Comparative Evolutionary Analysis of Chemosensory Receptor Genes among Hystricomorpha 招待あり 国際共著

    Yoshihito Niimura

    Accelerating Social Implementation for SDGs Achievement (aXis) Online Workshop, Promotion of domestication of giant rodent grass cutters for environmental protection and food safety in West Africa  2022年2月18日 

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    開催年月日: 2022年2月18日

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  • 食用大型齧歯類グラスカッター(Thryonomys swinderianus)の全ゲノム配列決定:ヤマアラシ亜目における化学感覚受容体遺伝子の比較進化解析

    新村芳人、Bhim Biswa、岸田拓士、豊田敦、村山美穂、Scott Jenkins、Christopher Adenyo、Boniface B. Kayang、小出剛

    第44回 日本分子生物学会年会人類学会大会  2021年12月3日 

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    開催年月日: 2021年12月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

  • 匂い遺伝子と匂いの感じ方の多様性 招待あり

    新村芳人

    第75回 日本人類学会大会公開シンポジウム  2021年10月9日 

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    開催年月日: 2021年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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科研費(文科省・学振・厚労省)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • オーソログ遺伝子群を用いた嗅覚受容体遺伝子のゲノム進化解析と環境要因との相関

    研究課題/領域番号:18K06359  2018年04月 - 2022年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究代表者