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所属 |
農学部 畜産草地科学科 |
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職名 |
教授 |
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連絡先 |
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学位 【 表示 ／ 非表示 】
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博士（農学） （ 2016年3月 神戸大学 ）
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修士（農学） （ 1997年3月 東北大学 ）
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学士（農学） （ 1995年3月 帯広畜産大学 ）
所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】
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日本暖地畜産学会
2023年4月 - 現在
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畜産システム研究会
2022年4月 - 現在
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肉用牛研究会
2000年4月 - 現在
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日本畜産学会
1996年3月 - 現在
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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黒毛和種牛における飼料利用性と発育および枝肉形質との関連性 査読あり
浅田 正嗣, 井上 慶一, 増田 恭久, 名倉 義夫, 藤原 信一, 菊池 工
日本畜産学会報 94 ( 3 ) 283 - 293 2023年8月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：公益社団法人 日本畜産学会
現場後代検定における飼料利用性の検定方法の確立に資するため，肥育牛の飼料摂取量測定方法の効率化を検討し，余剰飼料摂取量（RFI）と経済形質の関連性を調査した．黒毛和種去勢および未経産牛各240頭の飼料摂取量から求めたRFIにより飼料利用性を評価した．RFIを算出する飼料や期間を調査した結果，肥育後期の濃厚飼料摂取量を基に肥育期全体のRFIが推定できた．また，RFIを4クラスに分類し，生産性との関連性を調査した結果，肥育期全体のTDN摂取日量はクラス1が4より12％少なかった．去勢牛におけるクラス1の平均RFIはTDNとして−0.921 kg/日を示し，クラス4より1.8 kg/日少なかった．発育や枝肉形質は，クラス1と4において同等であり，経済性は向上した．以上から，現場後代検定における飼料摂取量測定は省力化でき，経済形質に影響なく飼料摂取量を低減し，生産性向上に活用できることが示唆された．
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Nishio M., Inoue K., Ogawa S., Ichinoseki K., Arakawa A., Fukuzawa Y., Okamura T., Kobayashi E., Taniguchi M., Oe M., Ishii K.
BMC Genomics 24 ( 1 ) 376 2023年7月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：BMC Genomics
Background: Pedigree-based inbreeding coefficients have been generally included in statistical models for genetic evaluation of Japanese Black cattle. The use of genomic data is expected to provide precise assessment of inbreeding level and depression. Recently, many measures have been used for genome-based inbreeding coefficients; however, with no consensus on which is the most appropriate. Therefore, we compared the pedigree- (FPED) and multiple genome-based inbreeding coefficients, which were calculated from the genomic relationship matrix with observed allele frequencies (FGRM), correlation between uniting gametes (FUNI), the observed vs expected number of homozygous genotypes (FHOM), runs of homozygosity (ROH) segments (FROH) and heterozygosity by descent segments (FHBD). We quantified inbreeding depression from estimating regression coefficients of inbreeding coefficients on three reproductive traits: age at first calving (AFC), calving difficulty (CD) and gestation length (GL) in Japanese Black cattle. Results: The highest correlations with FPED were for FROH (0.86) and FHBD (0.85) whereas FGRM and FUNI provided weak correlations with FPED , with range 0.33–0.55. Except for FGRM and FUNI , there were strong correlations among genome-based inbreeding coefficients (≥ 0.94). The estimates of regression coefficients of inbreeding depression for FPED was 2.1 for AFC, 0.63 for CD and -1.21 for GL, respectively, but FPED had no significant effects on all traits. Genome-based inbreeding coefficients provided larger effects on all reproductive traits than FPED . In particular, for CD, all estimated regression coefficients for genome-based inbreeding coefficients were significant, and for GL, that for FUNI had a significant. Although there were no significant effects when using overall genome-level inbreeding coefficients for AFC and GL, FROH provided significant effects at chromosomal level in four chromosomes for AFC, three chromosomes for CD, and two chromosomes for GL. In addition, similar results were obtained for FHBD . Conclusions: Genome-based inbreeding coefficients can capture more phenotypic variation than FPED . In particular, FROH and FHBD can be considered good estimators for quantifying inbreeding level and identifying inbreeding depression at the chromosome level. These findings might improve the quantification of inbreeding and breeding programs using genome-based inbreeding coefficients.
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Nishio M., Arakawa A., Inoue K., Ichinoseki K., Kobayashi E., Okamura T., Fukuzawa Y., Ogawa S., Taniguchi M., Oe M., Takeda M., Ishii K.
Animal Science Journal 94 ( 1 ) e13850 2023年1月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Animal Science Journal
We examined the prediction accuracies of genomic best linear unbiased prediction (GBLUP), various weighted GBLUP according to the degrees of marker effects (WGBLUP) and machine learning (ML) methods, and compared them with traditional BLUP for age at first calving (AFC), calving difficulty (CD), and gestation length in Japanese Black cattle. For WGBLUP, firstly, BayesC and FarmCPU were used to estimate marker effects. Then, we constructed three weighted genomic relationship matrices from information of estimated marker effects in the first step: absolute value of the estimated marker-effect WGBLUP, estimated marker-variance WGBLUP, and genomic-feature WGBLUP. For ML, we applied Gaussian kernel, random forest, extreme gradient boost, and support vector regression. We collected a total of 2583 animals having both phenotypic records and genotypes with 30,105 markers and 16,406 pedigree records. For AFC, prediction accuracies of WGBLUP methods using FarmCPU exceeded BLUP by 25.7%–39.5%. For CD, estimated marker-variance WGBLUP using BayesC achieved the highest prediction accuracy. Among ML methods, extreme gradient boost, support vector regression, and Gaussian kernel increased prediction accuracies by 28.4%, 19.0%, and 36.4% for AFC, CD, and gestation length compared with BLUP, respectively. Thus, prediction performance could be improved using suitable WGBLUP and ML methods according to target reproductive traits for the population used.
DOI： 10.1111/asj.13850
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Application of linear and machine learning models to genomic prediction of fatty acid composition in Japanese Black cattle. 査読あり
Nishio M, Inoue K, Arakawa A, Ichinoseki K, Kobayashi E, Okamura T, Fukuzawa Y, Ogawa S, Taniguchi M, Oe M, Takeda M, Kamata T, Konno M, Takagi M, Sekiya M, Matsuzawa T, Inoue Y, Watanabe A, Kobayashi H, Shibata E, Ohtani A, Yazaki R, Nakashima R, Ishii K
Animal science journal = Nihon chikusan Gakkaiho 94 ( 1 ) e13883 2023年1月
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Investigation on inheritance transmission modes using breeding values estimated from genomic or pedigree information 査読あり
Hirooka H., Nishio M., Inoue K., Takeda M., Inoue Y.
e-Proceedings, 12th World Congress of Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Rotterdam, The Netherlands 2022年7月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）
MISC 【 表示 ／ 非表示 】
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枝肉6形質以外の新たな形質のゲノミック評価、SNP情報の遺伝的多様性確保への利用の検討 招待あり
井上慶一
和牛の地域特性活用ゲノム選抜定着化事業報告書 1 - 7 2023年3月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等
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黒毛和種、褐毛和種（高知系・熊本系）および日本短角種の遺伝的能力の推移 招待あり
井上 慶一
畜産技術 ( 796 ) 48 - 50 2021年
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）
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「NOAプログラム」による牛群管理（イスラエル） 招待あり
井上 慶一
DAIRYMAN 臨時増刊号 111 - 115 2021年
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）
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和牛集団のゲノミック評価について 招待あり
井上 慶一
アグリバイオ 4 18 - 22 2020年
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）
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黒毛和種における肉質格付成績と脂肪酸組成の遺伝的関係 招待あり
井上 慶一
畜産技術 ( 769 ) 2 - 6 2019年
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）
講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】
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【基調講演】牛の育種改良におけるゲノム情報の活用 招待あり
井上慶一
第41回 日本獣医師会 獣医学術学会年次大会 シンポジウム「牛の育種改良におけるゲノム情報の活用最前線」 2023年12月1日
開催年月日： 2023年12月1日 - 2023年12月3日
会議種別：口頭発表（基調）
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推定豚舎外気温を用いたブタ生存産子数に対する暑熱負荷のモデリングに関する検討
篠原朋恵、小川伸一郎、福澤陽生、橋場純子、井上慶一、佐藤正寛
日本動物遺伝育種学会第24回大会
開催年月日： 2023年11月18日 - 2023年11月19日
会議種別：口頭発表（一般）
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Applying Lagrange multipliers to the best linear unbiased prediction of breeding values for imposing constrains on genetic gains
Seiji Ieiri、Keiichi Inoue
第16回日本暖地畜産学会宮崎大会
開催年月日： 2023年10月21日 - 2023年10月22日
会議種別：口頭発表（一般）
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SNP情報に基づく家畜改良センター繋養黒毛和種雌牛の系統分類
井上慶一、竹田将悠規、一関可純、石田孝史、藤原信一
第60回肉用牛研究会福島大会
開催年月日： 2023年10月18日 - 2023年10月20日
会議種別：口頭発表（一般）
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染色体ベースのゲノム育種価を用いた黒毛和種の枝肉形質の解析
広岡博之、井上慶一、西尾元秀、竹田将悠規、井上善信
第60回肉用牛研究会福島大会
開催年月日： 2023年10月18日 - 2023年10月20日
会議種別：口頭発表（一般）
受賞 【 表示 ／ 非表示 】
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第53回優秀畜産技術者賞、第53回優秀畜産技術者特別賞、平成30年度農林水産省生産局長賞
2019年6月 畜産技術協会
井上慶一
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日本畜産学会賞
2019年3月 日本畜産学会
井上慶一
受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞
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English Presentation Award
2017年9月 日本畜産学会
井上慶一
受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞
科研費（文科省・学振・厚労省）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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機械学習を利用したゲノム情報による黒毛和種の遺伝的能力評価法の開発
研究課題/領域番号：22K0597701 2022年04月 - 2025年03月
独立行政法人日本学術振興会 科学研究費補助金 基盤研究(C)
担当区分：研究分担者
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ゲノム情報による黒毛和種の産肉性に関する非相加的遺伝様式の解明と育種改良への応用
研究課題/領域番号：21K05905 2021年04月 - 2024年03月
独立行政法人日本学術振興会 科学研究費基金 基盤研究（C）
担当区分：研究分担者
その他競争的資金獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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ゲノム情報による褐毛和種の遺伝的多様性の評価と多様性を考慮した交配様式の開発
研究課題/領域番号：研136 2023年06月 - 2024年03月
公益財団法人伊藤記念財団 令和5年度公益財団法人伊藤記念財団助成
担当区分：研究代表者
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ゲノム情報による黒毛和種の遺伝的多様性の評価
2023年05月 - 2024年03月
一般財団法人畜産ニューテック協会 令和５年度研究調査助成事業
担当区分：研究代表者
受託研究受入実績 【 表示 ／ 非表示 】
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画像解析形質の遺伝的能力評価の実装
2023年11月 - 2024年03月
一般社団法人家畜改良事業団 一般受託研究
担当区分：研究代表者 受託研究区分：一般受託研究