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所属 |
農学部 農学部門動植物資源生命科学領域 |
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教授 |
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連絡先 |
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関連SDGs |
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学位 【 表示 ／ 非表示 】
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博士（農学） （ 2016年3月 神戸大学 ）
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修士（農学） （ 1997年3月 東北大学 ）
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学士（農学） （ 1995年3月 帯広畜産大学 ）
所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】
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日本暖地畜産学会
2023年4月 - 現在
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畜産システム研究会
2022年4月 - 現在
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肉用牛研究会
2000年4月 - 現在
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日本畜産学会
1996年3月 - 現在
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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膣内温度測定システムを用いた黒毛和種繁殖牛における分娩予測と難産に寄与する要因の検討 査読あり
後藤裕司、藤枝あゆみ、門野由花里、本郷新、伊達衆、小巻眞子、尾花尚明、若杉あづさ、宇澤裕樹、荒松加奈、河村正、井上慶一
肉用牛研究会報 ( 120 ) 5 - 11 2026年1月
担当区分：最終著者 記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌）
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黒毛和種牛における飼料利用性と発育および枝肉形質との関連性 査読あり
浅田 正嗣, 井上 慶一, 増田 恭久, 名倉 義夫, 藤原 信一, 菊池 工
日本畜産学会報 94 ( 3 ) 283 - 293 2023年8月
記述言語：日本語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：公益社団法人 日本畜産学会
現場後代検定における飼料利用性の検定方法の確立に資するため，肥育牛の飼料摂取量測定方法の効率化を検討し，余剰飼料摂取量（RFI）と経済形質の関連性を調査した．黒毛和種去勢および未経産牛各240頭の飼料摂取量から求めたRFIにより飼料利用性を評価した．RFIを算出する飼料や期間を調査した結果，肥育後期の濃厚飼料摂取量を基に肥育期全体のRFIが推定できた．また，RFIを4クラスに分類し，生産性との関連性を調査した結果，肥育期全体のTDN摂取日量はクラス1が4より12％少なかった．去勢牛におけるクラス1の平均RFIはTDNとして−0.921 kg/日を示し，クラス4より1.8 kg/日少なかった．発育や枝肉形質は，クラス1と4において同等であり，経済性は向上した．以上から，現場後代検定における飼料摂取量測定は省力化でき，経済形質に影響なく飼料摂取量を低減し，生産性向上に活用できることが示唆された．
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Nishio M., Inoue K., Ogawa S., Ichinoseki K., Arakawa A., Fukuzawa Y., Okamura T., Kobayashi E., Taniguchi M., Oe M., Ishii K.
BMC Genomics 24 ( 1 ) 376 2023年7月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：BMC Genomics
Background: Pedigree-based inbreeding coefficients have been generally included in statistical models for genetic evaluation of Japanese Black cattle. The use of genomic data is expected to provide precise assessment of inbreeding level and depression. Recently, many measures have been used for genome-based inbreeding coefficients; however, with no consensus on which is the most appropriate. Therefore, we compared the pedigree- (FPED) and multiple genome-based inbreeding coefficients, which were calculated from the genomic relationship matrix with observed allele frequencies (FGRM), correlation between uniting gametes (FUNI), the observed vs expected number of homozygous genotypes (FHOM), runs of homozygosity (ROH) segments (FROH) and heterozygosity by descent segments (FHBD). We quantified inbreeding depression from estimating regression coefficients of inbreeding coefficients on three reproductive traits: age at first calving (AFC), calving difficulty (CD) and gestation length (GL) in Japanese Black cattle. Results: The highest correlations with FPED were for FROH (0.86) and FHBD (0.85) whereas FGRM and FUNI provided weak correlations with FPED , with range 0.33–0.55. Except for FGRM and FUNI , there were strong correlations among genome-based inbreeding coefficients (≥ 0.94). The estimates of regression coefficients of inbreeding depression for FPED was 2.1 for AFC, 0.63 for CD and -1.21 for GL, respectively, but FPED had no significant effects on all traits. Genome-based inbreeding coefficients provided larger effects on all reproductive traits than FPED . In particular, for CD, all estimated regression coefficients for genome-based inbreeding coefficients were significant, and for GL, that for FUNI had a significant. Although there were no significant effects when using overall genome-level inbreeding coefficients for AFC and GL, FROH provided significant effects at chromosomal level in four chromosomes for AFC, three chromosomes for CD, and two chromosomes for GL. In addition, similar results were obtained for FHBD . Conclusions: Genome-based inbreeding coefficients can capture more phenotypic variation than FPED . In particular, FROH and FHBD can be considered good estimators for quantifying inbreeding level and identifying inbreeding depression at the chromosome level. These findings might improve the quantification of inbreeding and breeding programs using genome-based inbreeding coefficients.
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Application of linear and machine learning models to genomic prediction of fatty acid composition in Japanese Black cattle. 査読あり
Nishio M, Inoue K, Arakawa A, Ichinoseki K, Kobayashi E, Okamura T, Fukuzawa Y, Ogawa S, Taniguchi M, Oe M, Takeda M, Kamata T, Konno M, Takagi M, Sekiya M, Matsuzawa T, Inoue Y, Watanabe A, Kobayashi H, Shibata E, Ohtani A, Yazaki R, Nakashima R, Ishii K
Animal science journal = Nihon chikusan Gakkaiho 94 ( 1 ) e13883 2023年1月
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Nishio M., Arakawa A., Inoue K., Ichinoseki K., Kobayashi E., Okamura T., Fukuzawa Y., Ogawa S., Taniguchi M., Oe M., Takeda M., Ishii K.
Animal Science Journal 94 ( 1 ) e13850 2023年1月
記述言語：英語 掲載種別：研究論文（学術雑誌） 出版者・発行元：Animal Science Journal
We examined the prediction accuracies of genomic best linear unbiased prediction (GBLUP), various weighted GBLUP according to the degrees of marker effects (WGBLUP) and machine learning (ML) methods, and compared them with traditional BLUP for age at first calving (AFC), calving difficulty (CD), and gestation length in Japanese Black cattle. For WGBLUP, firstly, BayesC and FarmCPU were used to estimate marker effects. Then, we constructed three weighted genomic relationship matrices from information of estimated marker effects in the first step: absolute value of the estimated marker-effect WGBLUP, estimated marker-variance WGBLUP, and genomic-feature WGBLUP. For ML, we applied Gaussian kernel, random forest, extreme gradient boost, and support vector regression. We collected a total of 2583 animals having both phenotypic records and genotypes with 30,105 markers and 16,406 pedigree records. For AFC, prediction accuracies of WGBLUP methods using FarmCPU exceeded BLUP by 25.7%–39.5%. For CD, estimated marker-variance WGBLUP using BayesC achieved the highest prediction accuracy. Among ML methods, extreme gradient boost, support vector regression, and Gaussian kernel increased prediction accuracies by 28.4%, 19.0%, and 36.4% for AFC, CD, and gestation length compared with BLUP, respectively. Thus, prediction performance could be improved using suitable WGBLUP and ML methods according to target reproductive traits for the population used.
DOI： 10.1111/asj.13850
MISC 【 表示 ／ 非表示 】
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熊本系褐毛和種の改良効率の向上と遺伝的多様性確保の取り組み ～持続的な褐毛和種の生産・改良システム開発事業について～ 招待あり
井上慶一
LIAJ News ( 215 ) 12 - 14 2026年4月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）
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ゲノム情報を用いた和牛のおいしさの遺伝的改良について 招待あり
井上慶一
知財ぷりずむ ( 283 ) 6 - 12 2026年4月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：記事・総説・解説・論説等（商業誌、新聞、ウェブメディア）
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ゲノム情報による褐毛和種の遺伝的多様性の評価と多様性を考慮した交配様式の開発
井上慶一
令和5年度食肉に関する助成研究調査成果報告書 42 160 - 165 2024年11月
担当区分：筆頭著者 掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等
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ゲノム情報による黒毛和種の遺伝的多様性の評価
井上慶一
令和5年度畜産生産に関する研究調査成果報告書 14 1 - 3 2024年
担当区分：筆頭著者 掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等
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枝肉6形質以外の新たな形質のゲノミック評価、SNP情報の遺伝的多様性確保への利用の検討 招待あり
井上慶一
和牛の地域特性活用ゲノム選抜定着化事業報告書 1 - 7 2023年3月
担当区分：筆頭著者 記述言語：日本語 掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等
講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】
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染色体別の非相加的遺伝効果の推定
井上慶一
第20回統計遺伝育種研究会 2025年11月7日
開催年月日： 2025年11月7日 - 2025年11月8日
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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デュロック種の皮下脂肪内層の脂肪酸組成と産肉成績における遺伝的パラメータの推定
大野結子、井上慶一、奥村寿章、吉田有里、松本和典、福井洋介、松田征馬、佐藤心
第18回日本暖地畜産学会佐賀大会 2025年10月25日
開催年月日： 2025年10月25日 - 2025年10月26日
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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デュロック種における成長および飼料効率に対する腸内細菌叢の影響
渕野杏佳、井上慶一、岡村俊宏、小野雅弥、菊池泰生、富山雅光、木全誠
第18回日本暖地畜産学会佐賀大会 2025年10月26日
開催年月日： 2025年10月25日 - 2025年10月26日
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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黒毛和種の枝肉格付形質および画像解析形質に関するゲノム育種価の予測精度の検証
樋口晶大、森ゆうの、井上慶一、荻野敦、渡邊敏夫、須藤聖映、黒木一仁
第62回肉用牛研究会宮崎大会 2025年10月11日
開催年月日： 2025年10月9日 - 2025年10月11日
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
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家畜改良センター繋養黒毛和種雌牛における希少系統個体遺伝子保有確率の分布
井上慶一、竹田将悠規、一関可純、細野真彦、石田孝史
第62回肉用牛研究会宮崎大会 2025年10月11日
開催年月日： 2025年10月9日 - 2025年10月11日
記述言語：日本語 会議種別：口頭発表（一般）
受賞 【 表示 ／ 非表示 】
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第53回優秀畜産技術者賞、第53回優秀畜産技術者特別賞、平成30年度農林水産省生産局長賞
2019年6月 畜産技術協会
井上慶一
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日本畜産学会賞
2019年3月 日本畜産学会
井上慶一
受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞
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English Presentation Award
2017年9月 日本畜産学会
井上慶一
受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞
科研費（文科省・学振・厚労省）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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ゲノム情報による非相加的遺伝効果と近交を考慮した和牛の産肉成績予測手法の開発
研究課題/領域番号：24K09203 2024年04月 - 2027年03月
独立行政法人日本学術振興会 科学研究費基金 基盤研究(C)
担当区分：研究代表者
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機械学習を利用したゲノム情報による黒毛和種の遺伝的能力評価法の開発
研究課題/領域番号：22K05977 2022年04月 - 2026年03月
独立行政法人日本学術振興会 科学研究費基金 基盤研究(C)
担当区分：研究分担者
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ゲノム情報による黒毛和種の産肉性に関する非相加的遺伝様式の解明と育種改良への応用
研究課題/領域番号：21K05905 2021年04月 - 2025年03月
独立行政法人日本学術振興会 科学研究費基金 基盤研究(C)
担当区分：研究分担者
その他競争的資金獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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持続的な褐毛和種の生産・改良システム開発事業
2025年04月 - 2028年03月
日本中央競馬会 日本中央競馬会畜産振興事業
井上慶一
担当区分：研究代表者
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血統情報およびSNP情報を用いた黒毛和種の遺伝的多様性評価の比較検討
2024年05月 - 2025年03月
一般財団法人畜産ニューテック協会 令和6年度研究調査助成事業
担当区分：研究代表者
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ゲノム情報による褐毛和種の遺伝的多様性の評価と多様性を考慮した交配様式の開発
研究課題/領域番号：研136 2023年06月 - 2024年03月
公益財団法人伊藤記念財団 令和5年度公益財団法人伊藤記念財団助成
担当区分：研究代表者
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ゲノム情報による黒毛和種の遺伝的多様性の評価
2023年05月 - 2024年03月
一般財団法人畜産ニューテック協会 令和５年度研究調査助成事業
担当区分：研究代表者
受託研究受入実績 【 表示 ／ 非表示 】
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腸内細菌情報を用いた飼料利用性育種効率化調査事業
2025年04月 - 2026年03月
一般社団法人日本養豚協会 一般受託研究
井上 慶一、井口 純
担当区分：研究代表者 受託研究区分：一般受託研究
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腸内細菌情報を用いた飼料利用性育種効率化調査事業
2024年04月 - 2025年03月
一般社団法人日本養豚協会 一般受託研究
担当区分：研究代表者 受託研究区分：一般受託研究
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画像解析形質の遺伝的能力評価の実装
2023年11月 - 2025年03月
一般社団法人家畜改良事業団 一般受託研究
担当区分：研究代表者 受託研究区分：一般受託研究
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腸内細菌情報を用いた飼料利用性育種効率化調査事業
2023年05月 - 2024年03月
一般社団法人 日本養豚協会 一般受託研究
担当区分：研究代表者 受託研究区分：一般受託研究
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暑熱の影響を考慮した最適な遺伝的能力評価手法 開発
2023年04月 - 2024年03月
国立大学法人東北大学大学院農学研究科 一般受託研究
担当区分：研究代表者 受託研究区分：一般受託研究
共同研究実施実績 【 表示 ／ 非表示 】
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青森県黒毛和種集団における脂肪酸組成のゲノミック評価精度の検証
2025年10月 - 2028年03月
地方独立行政法人青森県産業技術センター 国内共同研究
担当区分：研究代表者 共同研究区分：国内共同研究
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デュロック種の肉質形質に関する遺伝学的研究
2025年01月 - 2027年03月
独立行政法人家畜改良センター 国内共同研究
担当区分：研究代表者 共同研究区分：国内共同研究
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鹿児島県肉用牛改良研究所所有直接検定データの解析に関する研究
2024年09月 - 2026年03月
鹿児島県肉用牛改良研究所 国内共同研究
担当区分：研究代表者 共同研究区分：国内共同研究
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ゲノム情報による非相加的遺伝効果と近交を考慮した和牛の産肉成績予測手法の開発
2024年 - 2027年03月
独立行政法人家畜改良センター、国立大学法人京都大学、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、鳥取県畜産試験場 国内共同研究
担当区分：研究代表者 共同研究区分：国内共同研究
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遺伝子情報を用いた鳥取県和牛集団の枝肉形質と脂肪酸組成に及ぼす系統と遺伝様式の影響の解明
2023年09月 - 2024年03月
鳥取県畜産試験場 国内共同研究
担当区分：研究代表者 共同研究区分：国内共同研究
