井口 純 (イグチ アツシ)

IGUCHI Atsushi

写真a

所属

農学部 畜産草地科学科

職名

准教授

外部リンク

学位 【 表示 / 非表示

  • 農学博士 ( 2006年3月   神戸大学 )

研究分野 【 表示 / 非表示

  • ライフサイエンス / 細菌学

 

論文 【 表示 / 非表示

  • Global population structure of the Serratia marcescens complex and identification of hospital-adapted lineages in the complex 査読あり

    Ono T., Taniguchi I., Nakamura K., Nagano D.S., Nishida R., Gotoh Y., Ogura Y., Sato M.P., Iguchi A., Murase K., Yoshimura D., Itoh T., Shima A., Dubois D., Oswald E., Shiose A., Gotoh N., Hayashi T.

    Microbial genomics   8 ( 3 )   2022年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Microbial genomics  

    Serratia marcescens is an important nosocomial pathogen causing various opportunistic infections, such as urinary tract infections, bacteremia and sometimes even hospital outbreaks. The recent emergence and spread of multidrug-resistant (MDR) strains further pose serious threats to global public health. This bacterium is also ubiquitously found in natural environments, but the genomic differences between clinical and environmental isolates are not clear, including those between S. marcescens and its close relatives. In this study, we performed a large-scale genome analysis of S. marcescens and closely related species (referred to as the 'S. marcescens complex'), including more than 200 clinical and environmental strains newly sequenced here. Our analysis revealed their phylogenetic relationships and complex global population structure, comprising 14 clades, which were defined based on whole-genome average nucleotide identity. Clades 10, 11, 12 and 13 corresponded to S. nematodiphila, S. marcescens sensu stricto, S. ureilytica and S. surfactantfaciens, respectively. Several clades exhibited distinct genome sizes and GC contents and a negative correlation of these genomic parameters was observed in each clade, which was associated with the acquisition of mobile genetic elements (MGEs), but different types of MGEs, plasmids or prophages (and other integrative elements), were found to contribute to the generation of these genomic variations. Importantly, clades 1 and 2 mostly comprised clinical or hospital environment isolates and accumulated a wide range of antimicrobial resistance genes, including various extended-spectrum β-lactamase and carbapenemase genes, and fluoroquinolone target site mutations, leading to a high proportion of MDR strains. This finding suggests that clades 1 and 2 represent hospital-adapted lineages in the S. marcescens complex although their potential virulence is currently unknown. These data provide an important genomic basis for reconsidering the classification of this group of bacteria and reveal novel insights into their evolution, biology and differential importance in clinical settings.

    DOI: 10.1099/mgen.0.000793

    Scopus

  • Diversity of the Tellurite Resistance Gene Operon in Escherichia coli 査読あり

    Nguyen T.T.H., Kikuchi T., Tokunaga T., Iyoda S., Iguchi A.

    Frontiers in Microbiology   12   2021年5月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Frontiers in Microbiology  

    Tellurite is highly toxic to most bacteria owing to its strong oxidative ability. However, some bacteria demonstrate tellurite resistance. In particular, some Escherichia coli strains, including Shiga toxin-producing E. coli O157:H7, are known to be resistant to tellurite. This resistance is involved in ter operon, which is usually located on a prophage-like element of the chromosome. The characteristics of the ter operon have been investigated mainly by genome analysis of pathogenic E. coli; however, the distribution and structural characteristics of the ter operon in other E. coli are almost unknown. To clarify these points, we examined 106 E. coli strains carrying the ter operon from various animals. The draft genomes of 34 representative strains revealed that ter operons were clearly classified into four subtypes, ter-type 1–4, at the nucleotide sequence level. Complete genomic sequences revealed that operons belonging to three ter-types (1, 3, and 4) were located on the prophage-like elements on the chromosome, whereas the ter-type 2 operon was located on the IncHI2 plasmid. The positions of the tRNASer, tRNAMet, and tRNAPhe indicated the insertion sites of elements carrying the ter operons. Using the PCR method developed in this study, 106 strains were classified as type 1 (n = 66), 2 (n = 13), 3 (n = 8), and 4 (n = 17), and two strains carried both types 1 and 2. Furthermore, significant differences in the minimum inhibitory concentration (MIC) of tellurite were observed between strains carrying ter-type 4 and the others (p < 0.05). The ter-type was also closely related to the isolation source, with types 2 and 4 associated with chickens and deer, respectively. This study provided new insights related not only to genetic characteristics of the ter operons, but also to phenotypic and ecological characteristics that may be related to the diversity of the operon.

    DOI: 10.3389/fmicb.2021.681175

    Scopus

  • Prevalence of mobile colistin resistance (mcr) genes in extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli isolated from retail raw foods in Nha Trang, Vietnam 査読あり

    Le P.Q., Awasthi S.P., Hatanaka N., Hinenoya A., Hassan J., Ombarak R.A., Iguchi A., Tran N.T.T., Dao K.V.T., Vien M.Q., Le H.X., Do H.T., Yamamoto Y., Yamasaki S.

    International Journal of Food Microbiology   346   2021年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:International Journal of Food Microbiology  

    The aim of the study was to assess the presence of genes in ESBL-producing E. coli (ESBL-Ec) isolated from retail raw food in Nha Trang, Vietnam. A total of 452 food samples comprising chicken (n = 116), pork (n = 112), fish (n = 112) and shrimp (n = 112) collected between 2015 and 2017 were examined for the prevalence of ESBL-Ec. ESBL-Ec were detected in 46.0% (208/452) of retail food samples, particularly in 66.4% (77/116), 55.4% (62/112), 42.0% (47/112) 19.6% (22/112) of chicken, pork, fish and shrimp, respectively. Sixty-five out of the 208 (31.3%) ESBL-Ec isolates were positive for mcr genes including mcr-1, mcr-3 and both mcr-1 and mcr-3 genes in 56/208 (26.9%), 1/208 (0.5%) and 8/208 (3.9%) isolates, respectively. Particularly, there was higher prevalence of mcr-1 in ESBL-Ec isolates from chicken (53.2%, 41/77) in comparison to shrimp (22.7%, 5/22), pork (11.3%, 7/62) and fish (6.4%, 3/47). mcr-3 gene was detected in co-existence with mcr-1 in ESBL-Ec isolates from shrimp (9.1%, 2/22), pork (8.1%, 5/62) and fish (2.1%, 1/47) but not chicken. The 65 mcr-positive ESBL-Ec (mcr-ESBL-Ec) were colistin-resistant with the MICs of 4–8 μg/mL. All mcr-3 gene-positive isolates belonged to group A, whereas phylogenetic group distribution of isolates harboring only mcr-1 was B1 (44.6%), A (28.6%) and D (26.8%). PFGE analysis showed diverse genotypes, although some isolates demonstrated nearly clonal relationships. S1-PFGE and Southern hybridization illustrated that the mcr-1 and mcr-3 genes were located either on chromosomes or on plasmids. However, the types of mcr genes were harbored on different plasmids with varied sizes of 30–390 kb. Besides, the ESBL genes of CTX-M-1 or CTX-M-9 were also detected to be located on plasmids. Noteworthy, co-location of CTX-M-1 with mcr-1 or mcr-3 genes on the same plasmid was identified. The conjugation experiment indicated that the mcr-1 or mcr-3 was horizontally transferable. All mcr-ESBL-Ec isolates were multidrug resistance (resistance to ≥3 antimicrobial classes). Moreover, β-Lactamase-encoding genes of the CTX-M-1 (78.5%), CTX-M-9 (21.5%), TEM (61.5%) groups were found in mcr-ESBL-Ec. The astA gene was detected in 27 (41.5%) mcr-ESBL-Ec isolates demonstrating their potential virulence. In conclusion, mcr-1 and mcr-3 genes existed individually or concurrently in ESBL-Ec isolates recovered from retail raw food in Nha Trang city, which might further complicate the antimicrobial-resistant situation in Vietnam, and is a possible health risk for human.

    DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109164

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  • Whole-genome sequencing of shiga toxin-producing escherichia coli ox18 from a fatal hemolytic uremic syndrome case 査読あり

    Lee K., Iguchi A., Uda K., Matsumura S., Miyairi I., Ishikura K., Ohnishi M., Seto J., Ishikawa K., Konishi N., Obata H., Furukawa I., Nagaoka H., Morinushi H., Hama N., Nomoto R., Nakajima H., Kariya H., Hamasaki M., Iyoda S.

    Emerging Infectious Diseases   27 ( 5 )   1509 - 1512   2021年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Emerging Infectious Diseases  

    We report a fatal case of hemolytic uremic syndrome with urinary tract infection in Japan caused by Shiga toxin- producing Escherichia coli. We genotypically identifi ed the isolate as OX18:H2. Whole-genome sequencing revealed 3 potentially pathogenic lineages (OX18:H2, H19, and H34) that have been continuously isolated in Japan.

    DOI: 10.3201/eid2705.204162

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  • Prevalence, O-genotype and Shiga toxin (Stx) 2 subtype of Stx-producing <i>Escherichia coli </i>strains isolated from Argentinean beef cattle 査読あり

    OKUNO Kentaro, AWASTHI Sharda Prasad, KOPPRIO Germán A., IGUCHI Atsushi, HATANAKA Noritoshi, HINENOYA Atsushi, LARA Rubén José, YAMASAKI Shinji

    The Journal of Veterinary Medical Science   2021年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:公益社団法人 日本獣医学会  

    <p>The aims of this study were to investigate prevalence, O-genotype, and virulence gene profile including Shiga toxin 2 gene-subtype of Stx-producing <i>Escherichia coli</i> (STEC) in beef cattle from the Bahía Blanca in Argentina. Rectal swabs were collected from 283 beef cattle in 2012. <i>stx</i> genes were detected in 90 (32%) out of the 283 rectal swabs by <i>stx</i> gene-specific PCR assay. The positive cases were 13 with <i>stx1</i>, 58 with <i>stx2,</i> and 19 with both <i>stx1</i> and <i>stx2</i>. Among 90 <i>stx</i> gene-positive samples, 45 STEC strains were isolated, which included 3 <i>stx1</i>, 34 <i>stx2</i>, and eight <i>stx1</i> and <i>stx2 </i>genes positive isolates. O-genotyping grouped 45 STEC strains into 19 different O-genotypes such as Og8, Og145, Og171, Og185 (4 from each), Og22, Og153, Og157 (3 from each) and others. Various <i>stx2</i> gene-subtypes were identified in 42 STEC strains: 13 positive cases for <i>stx2a</i>, 11 for <i>stx2c</i>, 3 for <i>stx2g</i>, 10 for <i>stx2a</i> and <i>stx2d</i>, 4 for <i>stx2a</i> and <i>stx2c</i>, and 1 for <i>stx2b</i>, <i>stx2c</i> and <i>stx2g</i>. <i>efaI</i> gene, generally prevalent in clinical strains, was detected in relatively high in the STEC strains. These data suggest that <i>stx2a</i> and <i>stx2c</i> were distributed not only in O145 and O157 but also in minor O-genotypes of STEC in Argentina.</p>

    DOI: 10.1292/jvms.21-0002

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MISC 【 表示 / 非表示

  • 腸管出血性大腸菌(EHEC)検査・診断マニュアル 2021年9月改訂 招待あり

    原田哲也、井口純、勢戸和子、伊豫田淳

    国立感染症研究所 病原体検出マニュアル   2021年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)   出版者・発行元:国立感染症研究所  

  • 大腸菌の血清型別PCR法・続報(非定型O血清群の分類) 招待あり 査読あり

    井口純

    国立感染症研究所 病原微生物検出情報   42   94 - 95   2021年5月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(大学・研究所紀要)   出版者・発行元:国立感染症研究所   

  • 大腸菌の血清型別PCR法 招待あり

    井口純

    病原微生物検出情報   41   69 - 70   2020年5月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(大学・研究所紀要)   出版者・発行元:国立感染症研究所   

  • 腸管出血性大腸菌(EHEC)検査・診断マニュアル 招待あり

    勢戸和子、井口純、伊豫田淳

    病原体検出マニュアル   2019年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)   出版者・発行元:国立感染症研究所  

  • 大腸菌のO血清群とO抗原とO抗原合成遺伝子 招待あり 査読あり

    井口 純

    日本食品微生物学会雑誌   34 ( 4 )   189 - 201   2017年12月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)   出版者・発行元:日本食品微生物学会  

    DOI: 10.5803/jsfm.34.189

講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • 大腸菌における亜テルル酸耐性オペロンの多様性

    井口 純

    日本細菌学会  2022年3月28日 

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    開催年月日: 2022年3月29日 - 2022年3月31日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  • 大腸菌の広域血清型を判定できるマルチプレックスPCR法の実用例と課題

    井口 純

    日本細菌学会 

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    開催年月日: 2020年2月18日 - 2020年2月20日

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

  • Virulence Profile of Diarrheagenic E. coli from the Western region of Ghana

    Prah Isaac, Ayibieke Alafate, Iguchi Atsushi, Mahazu Samiratu, Sato Wakana, Suzuki Toshihiko, Yamaoka Shoji, Iwanaga Shiroh, Abiordey Anthony, Saito Ryoichi

    日本細菌学会 

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    開催年月日: 2020年2月18日 - 2020年2月20日

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

  • Comprehensive Og- and Hg-typing of 367 STEC from cattle

    Nguyen Thi Thu Huong、Iguchi Atsushi、Ohata Ritsuko、Kawai Hisahiro、Ooka Tadasuke、Nakajima Hiroshi、Iyoda Sunao

    日本食品微生物学会学術総会 

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    開催年月日: 2019年11月28日 - 2019年11月29日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  • 健康人由来大腸菌の PCR 法を用いた O:H 遺伝子型の解析

    高妻宏暢、中村寬海、井口 純

    日本食品微生物学会学術総会 

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    開催年月日: 2019年11月28日 - 2019年11月29日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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受賞 【 表示 / 非表示

  • 令和3度宮崎大学農学部論文表彰 最優秀論文賞

    2021年9月   宮崎大学農学部   Additional Og-Typing PCR Techniques Targeting Escherichia coli-Novel and Shigella-Unique O-Antigen Biosynthesis Gene Clusters

    井口純

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    受賞国:日本国

  • 平成30年度宮崎大学農学部論文表彰 最優秀論文賞

    2018年12月   宮崎大学農学部   Escherichia coli H-Genotyping PCR: a Complete and Practical Platform for Molecular H Typing

    井口純

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    受賞国:日本国

  • 平成30年度日本食品微生物学会研究奨励賞

    2018年9月   日本食品微生物学会   大腸菌の血清型を網羅的に判定できるPCR法の開発に関する研究

    井口 純

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    受賞区分:国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国:日本国

  • 日本細菌学会黒屋奨学賞

    2016年3月   日本細菌学会  

    井口純

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    受賞国:日本国

  • 高被引用度論文に対するインセンティブ経費

    2014年10月   国立大学法人 宮崎大学  

    井口純,小椋義俊,大岡唯祐,林哲也

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    受賞国:日本国

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科研費(文科省・学振・厚労省)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • カンピロバクター食中毒の発生に寄与する二次汚染要因の探索

    2016年04月 - 2019年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究分担者 

    カンピロバクター食中毒の発生に寄与する二次汚染要因の探索

  • 大腸菌抗原変化のメカニズム解明と多様化した糖鎖抗原の機能について

    2016年04月 - 2019年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究代表者 

    大腸菌の菌体表層には糖鎖抗原(O抗原)が発現しており、その抗原性の種類は180を超えている。本研究ではO抗原の多様性に注目し、①抗原変化の遺伝学的な組換えメカニズムを解明する。さらに②多様化した糖鎖構造の宿主に対する機能性(生存性や病原性)を検証する。

  • 新規O血清群に属する志賀毒素産生性大腸菌のゲノム構造と病原因子の解析

    2013年04月 - 2016年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究代表者 

    大腸菌の新規O血清群に属する志賀毒素産生性大腸菌(Shiga-toxin producing E. coli:STEC)について、ゲノム情報を基盤とした進化系統解析と病原因子の解析を行い、新興STECとしての特徴を理解するとともに、今後の感染症対策に役立てる。

  • リステリアの食品製造施設への定着要因を探る

    2013年04月 - 2016年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究分担者 

    Listeria monocytogenes(リステリア)は、食品を介して髄膜炎や敗血症などの重篤な感染症を引き起こす。本菌は食品製造施設に定着し、製造・加工工程で食品を汚染することが示されており、分離株の分子疫学解析によって施設定着株の存在を認める報告が多数みられる。しかしながら、これら定着株に特有の属性はいまだ不明である。本研究は、施設および食品由来リステリア株に新規遺伝子型別法を適用し、リステリアの施設定着に関連する遺伝系統を明らかにする。また、先に分離した高バイオフィルム形成性の定着株を中心に、これらの菌株が形成するバイオフィルムの性状と構成多糖の解析ならびに自由生活性アメーバに対する本菌の捕食抵抗性を比べて、施設定着株が有する属性とその遺伝系統を明らかにし、食品衛生に資することを目的とする。

その他競争的資金獲得実績 【 表示 / 非表示

  • ベトナムにおける下痢原性大腸菌のワンヘルスアプローチ

    2021年04月 - 2022年03月

    長崎大学  令和3年度長崎大学熱帯医学研究拠点 一般共同研究 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

  • ベトナムにおける下痢原性大腸菌のワンヘルスアプローチ

    2020年04月 - 2021年03月

    長崎大学  令和2年度長崎大学熱帯医学研究拠点 一般共同研究 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

  • 免疫去勢による国産豚国際競争力強化事業

    2018年04月 - 2021年03月

    JRA  JRA畜産振興事業 

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    担当区分:研究分担者  資金種別:競争的資金

  • 鶏大腸菌症に効果的なワクチン開発のための原因大腸菌表層抗原型の検証

    2018年04月 - 2019年03月

    一般財団法人旗影会  一般財団法人旗影会2018年度研究助成金 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

  • 腸管出血性大腸菌を保菌しない家畜を育てるための腸内フローラ研究

    2018年02月 - 2019年01月

    民間財団等  浦上食品・食文化振興財団 学術研究助成 

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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寄附金・講座・研究部門 【 表示 / 非表示

  • 成果有体物(PCRプライマーセット)の有償分与

    寄附者名称:福岡保健環境研究所 2020年02月

  • 成果有体物(PCRプライマーセット)の有償分与

    寄附者名称:鳥取 倉吉家畜保健研究所 2020年02月

  • 成果有体物(PCRプライマーセット)の有償分与

    寄附者名称:国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 2020年02月

  • 成果有体物(PCRプライマーセット)の有償分与

    寄附者名称:新潟県保健環境科学研究所 2020年01月

  • 成果有体物(PCRプライマーセット)の有償分与

    寄附者名称:東京女子医科大学 2020年01月

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