湯井 敏文 (ユイ トシフミ)

YUI Toshifumi

写真a

所属

工学教育研究部 工学科応用物質化学プログラム担当

職名

教授

外部リンク

学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(Philosophy) ( 1989年9月   ニューヨーク州立大学(米国) )

  • 農学修士 ( 1984年3月   大阪府立大学 )

  • 農学 ( 1982年3月   大阪府立大学 )

研究分野 【 表示 / 非表示

  • ナノテク・材料 / 高分子材料  / セルロース, 分子シミュレーション、多糖類、糖質関連タンパク質

  • ライフサイエンス / 構造生物化学

  • ライフサイエンス / 応用生物化学

  • ライフサイエンス / 木質科学  / セルロース, 分子シミュレーション、多糖類、糖質関連タンパク質

 

論文 【 表示 / 非表示

  • Cellulose-synthesizing machinery in bacteria 招待あり 査読あり 国際共著

    Tajima K., Imai T., Yui T., Yao M., Saxena I.

    Cellulose   29 ( 5 )   2755 - 2777   2022年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Cellulose  

    Abstract: Cellulose is produced by all plants and a number of other organisms, including bacteria. The most representative cellulose-producing bacterial species is Gluconacetobacter xylinus, an acetic acid bacterium. Cellulose produced by G. xylinus, commonly referred to as bacterial cellulose (BC), has exceptional physicochemical properties resulting in its use in a variety of applications. All cellulose-producing organisms that synthesize cellulose microfibrils have membrane-localized protein complexes (also called terminal complexes or TCs) that contain the enzyme cellulose synthase and other proteins. The bacterium G. xylinus is a prolific cellulose producer and a model organism for studies on cellulose biosynthesis. The widths of cellulose fibers produced by Gluconacetobacter are 50–100 nm, suggesting that cellulose-synthesizing complexes are nanomachines spinning a nanofiber. At least four different proteins (BcsA, BcsB, BcsC, and BcsD) are included in TC from Gluconacetobacter, and the proposed function of each is as follows: BcsA, synthesis of a glucan chain through glycosyl transfer from UDP-glucose; BcsB, complexes with BcsA for cellulose synthase activity; BcsC, formation of a pore in the outer membrane through which a glucan chain is extruded; BcsD, regulates aggregation of glucan chains through four tunnel-like structures. In this review, we discuss structures and functions of these four and a few other proteins that have a role in cellulose biosynthesis in bacteria. Graphic abstract: [Figure not available: see fulltext.].

    DOI: 10.1007/s10570-021-04225-7

    Scopus

    researchmap

    その他リンク: https://link.springer.com/article/10.1007/s10570-021-04225-7/fulltext.html

  • Extended ensemble molecular dynamics study of cellulose I–ethylenediamine complex crystal models: atomistic picture of desorption behaviors of ethylenediamine 招待あり 査読あり

    Yui T., Uto T.

    Cellulose   29 ( 5 )   2855 - 2867   2022年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Cellulose  

    Abstract: Cellulose I crystals swell on exposure to ethylenediamine (EDA) molecules to form a cellulose I–EDA complex, and successive extraction of EDA molecules converts the complex crystalline phase to either original cellulose I or cellulose IIII, depending on the treatment procedure. The present study reports the extended ensemble molecular dynamics (MD) simulation of the cellulose I–EDA complex models. An accelerated MD simulation allows most of the EDA molecules to desorb from the crystal model through a hydrophilic channel between the piles of cellulose chains, one at a time. Migration of a single EDA molecule along the channel is simulated by the adopted steered MD method combined with the umbrella sampling method to evaluate the potential of mean force (PMF) or free energy change on its movement. The PMF continues to increase during the migration of an EDA molecule to give a final PMF value of more than 30 kcal/mol. The PMF profiles are largely lowered by the removal of EDA molecules in the neighboring channels and by the widening of the channel. The former suggests that the EDA desorption cooperates with that in the neighboring channels, and, in the latter case, an EDA migration is efficiently promoted by solvation with water molecules in the expanded channel. We conclude that the atomistic picture of the EDA desorption behaviors observed in the crystal models is applicable to the real crystalline phase. Graphic abstract: [Figure not available: see fulltext.]

    DOI: 10.1007/s10570-021-04136-7

    Scopus

  • Molecular and crystal structure of a chitosan−zinc chloride complex 招待あり 査読あり

    Yui T., Uto T., Ogawa K.

    Nanomaterials   11 ( 6 )   2021年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nanomaterials  

    We determined the molecular and packing structure of a chitosan–ZnCl2 complex by X-ray diffraction and linked-atom least-squares. Eight D-glucosamine residues—composed of four chitosan chains with two-fold helical symmetry, and four ZnCl2 molecules—were packed in a rectangular unit cell with dimensions a = 1.1677 nm, b = 1.7991 nm, and c = 1.0307 nm (where c is the fiber axis). We performed exhaustive structure searches by examining all of the possible chain packing modes. We also comprehensively searched the positions and spatial orientations of the ZnCl2 molecules. Chitosan chains of antiparallel polarity formed zigzag-shaped chain sheets, where N2···O6, N2···N2, and O6···O6 intermolecular hydrogen bonds connected the neighboring chains. We further refined the packing positions of the ZnCl2 molecules by theoretical calculations of the crystal models, which suggested a possible coordination scheme of Zn(II) with an O6 atom.

    DOI: 10.3390/nano11061407

    Scopus

  • Molecular Dynamics Simulation of Cellulose Synthase Subunit D Octamer with Cellulose Chains from Acetic Acid Bacteria: Insight into Dynamic Behaviors and Thermodynamics on Substrate Recognition 査読あり

    Takuya Uto, Yuki Ikeda, Naoki Sunagawa, Kenji Tajima, Min Yao, and Toshifumi Yui

    Journal of Chemical Theory and Computation   17 ( 1 )   488 - 496   2020年12月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of Chemical Theory and Computation  

    The present study reports the building of a computerized model and molecular dynamics (MD) simulation
    of cellulose synthase subunit D octamer (CesD) from Komagataeibacter
    hansenii. CesD was complexed with four cellulose chains
    having DP = 12 (G12) by model building, which revealed
    unexpected S-shaped pathways with bending regions. Combined
    conventional and accelerated MD simulations of CesD complex
    models were carried out, while the pyranose ring conformations of
    the glucose residues were restrained to avoid undesirable deviations
    of the ring conformation from the 4C1 form. The N-terminal
    regions and parts of the secondary structures of CesD established
    appreciable contacts with the G12 chains. Hybrid quantum
    mechanical (QM) and molecular mechanical (MM) simulations
    of the CesD complex model were performed. Glucose residues located at the pathway bends exhibited reversible changes to the ring
    conformation into either skewed or boat forms, which might be related to the function of CesD in regulating microfibril production.

    DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01027

    Scopus

    researchmap

  • Nanocellulose enriches enantiomers in asymmetric aldol reactions 査読あり

    Ranaivoarimanana N.J., Habaki X., Uto T., Kanomata K., Yui T., Kitaoka T.

    RSC Advances   10 ( 61 )   37064 - 37071   2020年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:RSC Advances  

    Cellulose nanofibers obtained from wood pulp by TEMPO-mediated oxidation acted as a chiral enhancer in direct aldol reactions of 4-nitrobenzaldehyde and cyclopentanone with (S)-proline as an organocatalyst. Surprisingly, catalytically inactive TEMPO-oxidized cellulose nanofibers enriched the (R,R)-enantiomer in this reaction, affording 89% ee in thesynform with a very high yield (99%). Conversely, nanocellulose-free (S)-proline catalysis resulted in poor selectivity (64% ee,synform) with a low yield (18%). Green organocatalysis occurring on nanocellulose solid surfaces bearing regularly aligned chiral carbons on hydrophobic crystalline facets will provide new insight into asymmetric synthesis strategies for interfacial catalysis.

    DOI: 10.1039/d0ra07412h

    Scopus

    researchmap

全件表示 >>

書籍等出版物 【 表示 / 非表示

  • バイオマス分解酵素研究の最前線―セルラーゼ・ヘミセルラーゼを中心として―

    湯井敏文、椎葉大偉( 担当: 共著 ,  範囲: 全般)

    シーエムシー出版  2012年3月 

     詳細を見る

    記述言語:日本語 著書種別:学術書

  • Molecular Dynamics Simulations of Cellulose Crystal Models in "Interfacial Researches in Fundamental and Matewrial Sciences of Oligo- Polysaccharides"

    Toshifumi Yui( 担当: 単著 ,  範囲: 分担章の全体)

    Research Signpost  2009年4月 

     詳細を見る

    記述言語:英語 著書種別:学術書

  • Three-dimensional Assembly of Chitin and Chitosan in "Material Science of Chitin and Chitosan" (T.Uragami, S.Tokura eds.)

    K.Ogawa, T.Yui( 担当: 共著 ,  範囲: Cahpter 2, pp.21-49)

    Springer-Verlag, Kodansha  2006年1月 

     詳細を見る

    記述言語:英語 著書種別:学術書

  • X-ray Diffraction Study of Polysaccharides in "Polysaccharides, Structural Diversity and Functional Versatility" (S.Dumitriu ed.) 全p.1147

    K.Ogawa, T.Yui( 担当: 共著 ,  範囲: Chapter 4, p.101-129)

    Mercel Dekker, Inc.  2005年8月 

     詳細を見る

    記述言語:英語 著書種別:学術書

  • X-Ray Diffraction Study of Polysaccharides in "Structural Diversity and Functional Versatility of Polysaccharides" Second Edition (S. Dumitriu ed.) 全p.1204

    T.Yui, K.Ogawa( 担当: 共著 ,  範囲: Chapter 4, pp.99-122)

    Marcel Dekker Inc.  1998年5月 

     詳細を見る

    記述言語:英語 著書種別:学術書

全件表示 >>

MISC 【 表示 / 非表示

  • 分子レベルから解き明かすセルロース繊維の不思議 招待あり

    湯井敏文、宇都卓也

    化学   76 ( 5 )   44 - 48   2021年5月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)   出版者・発行元:化学同人  

    古来よりセルロースは人類にとって身近な生体材料であったが、セルロース繊維と繊維を紡ぎだす姿が分子レベルで明らかになったのはこの20年間のことである。それにはX線結晶構造解析や電子顕微鏡観察等の解析手段だけでなく、理論・実験に続く第三の研究手段としての地位を確立した分子シミュレーションが重要な役割を担った。

  • 分子力学計算における補完力場パラメータの作成

    宇都卓也、湯井敏文

    Cellulose Communications   27 ( 1 )   28 - 33   2020年3月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

  • 糖鎖の分子動力学シミュレーション

    湯井敏文、宇都卓也、早川大地、阿部幸浩

    Cellulose Communications   26 ( 1 )   35 - 39   2019年3月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

  • 分子鎖シートの立体構造安定性に基づいたセルロース結晶多形の構造特性解析

    宇都 卓也、米倉 努、湯井 敏文

    Cellulose Communications   25 ( 1 )   15 - 19   2018年3月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

  • 分子シミュレーションによる結晶性セルロース基質に対するセロビオヒドロラーゼ糖結合性モジュール基質認識特性の解析

    湯井敏文、椎葉大偉

    応用糖質科学   2 ( 2 )   129 - 135   2012年5月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)   出版者・発行元:日本応用糖質学会  

全件表示 >>

講演・口頭発表等 【 表示 / 非表示

  • キトサン-塩化亜鉛の結晶モデリング研究

    野田虎大郎, 宇都卓也, 湯井敏文

    セルロース学会第 28 回年次大会  2021年9月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月30日 - 2021年10月1日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  • 微生物由来エクスパンシンによる基質認識

    本田諒太郎, 宇都卓也, 湯井敏文

    セルロース学会第 28 回年次大会  2021年9月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月30日 - 2021年10月1日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  • カードラン三重らせん構造形成と形態に関する研究

    宇都卓也, 湯井敏文

    セルロース学会第 28 回年次大会  2021年9月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月30日 - 2021年10月1日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  • Cel7A 糖結合性モジュールによる セルロース結晶面認識の自由エネルギー地形

    田嶋航, 宇都卓也, 湯井敏文

    セルロース学会第 28 回年次大会  2021年9月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月30日 - 2021年10月1日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  • フェニルカルバメート多糖誘導体における キラル認識

    岩本成瑠, 宇都卓也, 湯井敏文

    セルロース学会第 28 回年次大会  2021年9月30日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月30日 - 2021年10月1日

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

全件表示 >>

受賞 【 表示 / 非表示

  • 平成25年度 セルロース学会林治助賞

    2014年7月   セルロース学会  

    湯井敏文

     詳細を見る

    受賞区分:国内外の国際的学術賞  受賞国:日本国

科研費(文科省・学振・厚労省)獲得実績 【 表示 / 非表示

  • 分子シミュレーションとデータ科学手段の連携による多糖誘導体キラル分離機構の解明

    研究課題/領域番号:21K05187  2021年04月 - 2024年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

    湯井敏文、宇都卓也

     詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    生体が光学異性体に対して高い識別能を持つことから、キラルな医薬品の開発・合成・製造過程において生理活性を示す光学異性体の分離が大変重要である。この分離を行う装置の
    部材であるセルロース誘導体キラル充填剤は岡本佳男によって開発され、(株)ダイセルによって、今日、世界のトップシェアを占める種々の多糖誘導体キラル充填剤が商品化された。
    本申請研究は、多糖誘導体が示す光学異性体分離現象を分子論的に解明するために、分子シミュレーション手段を適用する。安定したキラル分離が再現される計算手段を確立し、種々のキラル分子と既存の多糖誘導体充填剤のシミュレーションモデル系へ解析対象を拡げ、それらに共通する分離機構モデルを提案する。シミュレーションが提供するキラル分離の分子描像や熱力学量等の体系的な計算結果と蓄積された膨大な分離実験データに対してデータ駆動型解析を適用し、本申請研究の解析コンセプトを発展させ、キラル分子のin silico絶対構造予測や新規多糖誘導体充填剤の分子・材料設計の可能性を探る。

  • 芳香環酸素添加酵素の機能改変とコンビナトリアルケミストリーへの利用

    2006年06月 - 2007年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

     詳細を見る

    担当区分:研究分担者 

    芳香環酸素添加酵素の機能改変とコンビナトリアルケミストリーへの利用

  • 生理活性糖鎖の光二構造・機能創刊のビジュアル解析

    1999年04月 - 2000年03月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

     詳細を見る

    担当区分:研究分担者 

    企画調査研究として、糖質を対象とした分子モデリング研究の国内、国外の動向を調査した。

  • 血液型特異性糖鎖分子の立体配座解析

    1994年04月 - 1995年03月

    科学研究費補助金  奨励研究A

     詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    血液型特異性糖鎖分子を対象とした、分子モデリング手段による体系的な立体配座解析を行った。

  • ウイルスによって認識されるリポ多糖ヘキソース部位の3次元立体構造の解明

    1992年04月 - 1993年03月

    科学研究費補助金  奨励研究A

     詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    分子モデリング手段によりウィルスによって認識される細菌細胞壁LPS糖鎖の立体配座解析を行った。

その他競争的資金獲得実績 【 表示 / 非表示

  • 血液型特性糖鎖を例とした分子シミュレーション計算法による複合糖質分子の立体配座解析アルゴリズムの開発

    1995年04月 - 1996年03月

    民間財団等  内藤記念科学奨励金 

     詳細を見る

    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    分子モデリング手段による体系的な血液型特性糖鎖の立体配座解析を行った。

  • キトサン・金属複合体結晶構造に関する研究

    1995年04月 - 1996年03月

    民間財団等  実吉奨学会研究助成金 

     詳細を見る

    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    X線回折法によりキトサンと金属複合体結晶構造解析を行い、重金属とキトサンアミノ基の錯体構造を解明した。

  • ウイルスによって認識されるリポ多糖ヘキソース部位の3次元立体構造の解明

    1992年04月 - 1993年03月

    民間財団等  笹川科学研究助成 

     詳細を見る

    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    分子モデリング手段によりウィルスによって認識される細菌細胞壁構成LPS糖鎖の立体配座解析をおこなった。